Като приоритетни за опазване местообитания за Беласица, определени от ЗБР (2005) и включени в Приложение №1 на закона, могат да се посочат:
4060    Алпийски и бореални ерикоидни съобщества
Подтипове по Единната европейска класификация на местообитанията – A Classification of Palaearctic Habitats (Devilliers & Terschuren, 1996):
    31.43    Планински съобщества на Juniperus sibirica;
    31.46    Съобщества на връшняк (Bruckenthalia spiculifolia);
    31.47    Събщества от мечо грозде (Arctostaphylos uva-ursi);
    31.4B    Съобщества от Chamaecytisus absintioides и някои видове Genista;
4070    Храстови съобщества с Pinus mugo – в Беласица има запазени само отделни индивиди или групи клек;
6210    Полуестествени сухи тревни и храсталачни съобщества върху варовик (Festuco-Brometalia);
6230    Богати на видове картълови съобщества върху силикатен терен в планините;
62D0    Оро-мизийски ацидофилни тревни съобщества. Доминиращият вид (Festuca valida) е балкански ендемит и поради това е определено като приоритетно за опазване местообитание;
9110     Букови гори от типа Luzulo-Fagetum;
9130    Букови гори от типа Asperulo-Fagetum;
91H0    Панонски гори с Quercus pubescens – заемат сравнително малка площ;
91ВА    Мизийски гори с обикновена ела (Abies alba);
9260    Гори от Castanea sativa – един от най-уязвимите хабитати на Беласица;
9270    Гръцки букови гори с Abies  borisii-regis;
92C0    Гори от Platanus orientalis – срещат се покрай потоците в зоната на разпространение на обикновения кестен;
9410    Ацидофилни гори от Picea в планинския до алпийския пояс (Vaccinio-Piceetea) – с ограничено разспространение;
Горепосочените местообитанията са включени в Приложение №1 на Директивата 92/43/ЕЕС. Това са местообитания от евройпеска значимост и изискват създаване на специални зони за защита и са свързани със създаването на екологичната мрежа Натура 2000.