Защитени територии

Първите стъпки за опазване на биоразнообразието в планината са през 1988 г., когато се обявява резерват „Конгура“. Той е обявен със заповед № 671 на Комитета за опазване на природната среда от 15.06.1988 г. Целта е да се опазят естествени горски екосистеми от обикновен кестен (Castanea sativa Mill.) и обикновен бук (Fagus sylvatica L.). Резерватът заема площ от 1312,00 ha. Охранява се от РИОСВ – Благоевград.
В резервата се забраняват всякакви дейности, с изключение на: тяхната охрана; посещения с научна цел; преминаването на хора по маркирани пътеки, включително с образователна цел; събиране на семенен материал, диви растения и животни с научна цел.
Със Заповед № РД-421 от 18.06.2007 г. на Министъра на околната среда и водите буферната зона на резервата е обявена за защитена местност „Бабите” с обща площ 285.00ha.
В подножието на планината, извън природния парк, но в непосредствена близост до него, в землището на с.Коларово, е разположена защитена местност  “Топилище“. Тя е обявена със Заповед № 328 от 08.05.1992 г. с цел опазване на находище на папрат величествена осмунда, наричана още царска папрат (Osmunda regalis L.).
Допълнителни доказателства за ценността на планината са посочването на високопланинската безлесна зона на Беласица като пример за район, съдържащ уникални и представителни съобщества и екосистеми (Национална стратегия за опазване на биологичната разнообразие, 1994).
Беласица е част от Европейската екологична мрежа „НАТУРА 2000” – защитена зона за опазване на природните местообитания и на дивата флора и фауна с наименование „Беласица” и идентификационен код BG0000167.